Из того, что "видно невооружённым глазом", фундаментальное их отличие заключается в пространственном распределении.
Тёмная материя распределяется "локально" и поэтому неоднородно. Она образует свого рода гало вокруг галактик. Собственно, именно по особенностям движения рукавов спиральнных галактик и был сделан вывод о существовании дополнительной массы, значительно превышающей массу видимого (барионного) вещества. И эти ж особенности дали возможность оценить и пространственное распределение тёмной материи.
Тёмная энергия же распределена по всей Вселенной однородно. Ну или более-менее однородно - во всяком случае, неоднородности её распределения, вероятно, не превышают неоднородности распределения фонового реликтового излучения.
У них отличие и в их природе.
Тёмная материя - это, при всей "темноте", при всей неясности того, что это за хрень, всё же материя, явным образом себя проявляющая. Кроме того, из факта компактного распределения в пространстве (гало вокруг галактик) следует, что скорость гипотетических частиц, составляющих тёмную материю, заметно меньше скорости света.
Тёмная энергия - вещь тоже материальная, в том смысле, что она существует объективно и поддаётся количественным оценкам. Существование тёмной энергии доказывается ускоренным расширением Вселенной. Но поскольку это именно энергия, то есть какой-то вид взаимодействия, скорость соответствующих переносчиков должна быть равна скорости света (что и обуславливает равномерность распределение тёмной энергии по пространству).
Ну и отличие в том, сколько одной и сколько другой. По оценкам, на тёмную материю приходится примерно 26% всей массы Вселенной, на тёмную энергию - примерно 70%.
