Фломастерами!
Ярко, красиво, можно с рисуночками.
А если серьёзно, то отличный вариант (главное проверенный временем) - луковая шелуха!
Отшелушить от лука "чешуки", которые цветные, залить водой и поставить варить минут на 10-15...
За это время поставить варить яица.
Вместе с шелухой варить не рекомендуется, если есть трещинки, яица покрасятся и изнутри.
Сварив яица и остудив, можно парафиновой свечёй нанести рисунок.
В горячий отвар, предварительно отделив его от шелухи, положить готовые яица и оставить.
После остывания отвара яица готовы. В том месте, где нанесён рисунок, "краска" не "прилипает" к скорлупе.
Получаться яица "классического" цвета со светлым рисунком.
На здоровье!