Для начала попробуем разобраться с определениями.
Как правило, значение "внутренняя" не соответствует значению входящая/исходящая.
Термин Вх/исх документация подозревает переписку с "внешними" организациями(партнерами). Внутренними документами называют документы, которые издаются для ведения работ в данной организации, и как правило не выходят за ее стены. К таким документам относятся приказы, распоряжения, разного рода служебные записки и т.д.
Вх/исч документацию составляют, главным образом письма, а также жалобы, в зависимости от профиля деятельности учреждения.
Каждый входящий документ должен быть зарегистрирован(получить свой входящий номер) и направлен на рассмотрение специалисту. Это действие выполняет канцелярия.
Специалист рассматривает документ и подготавливает ответ - исходящий документ. Далее специалист в зависимости от темы документа выбирает по "номенклатуре дел" (перечень всех дел организации) №дела, в котором будет хранится входящий документ совместно с копией исходящего на него ответа.
В Номенклатуре дел все дела пронумерованы и указаны сроки их хранения.
Сроки хранения дела назначаются при составлении Номенклатуры дел(эти занимается специальная комиссия) и должны соотносится с общепринятым Российским стандартом.
Таким образом срок хранения зависит от темы документа, но не от его принадлежности к вх/исх.
Например, малозначительные дела по переписке могут хранится не более 3-х лет, документы, затрагивающие долговременные проекты, могут хранится и 20лет. Имеются документы с постоянным сроком хранения(обычно внутренние учредительные документы), которые также требуется сдавать в общегородской архив.