Возможно, дело в неоптимальном с точки зрения безопасности способе организации размещения данных на сервере.
Чаще всего серьезные серверы в качестве рабочей ОС используют тот или иной дистрибутив линукса. Интерфейсы установщиков разных линуксов похожи, а план действий при установке еще более похож: выбор языка, часового пояса, диска для установки.
С диском история интересная.
Когда очередь доходит для выбора диска, линукс предлагает на выбор несколько вариантов: затереть весь жесткий диск и переразметить его автоматически, установить линукс рядом с другой осью, выбрать раздел для установки или вручную открыть редактор разделов (чаще всего gparted) и там выбрать, куда устанавливать.
Вероятнее всего, удаление данных, в частности сайта, произошло из-за того, что ось и сайт находились на одном физическом диске, и неважно, что на разных разделах этого диска. Админ мог намеренно или случайно выбрать автоматическую разметку диска с удалением всех данных - и вперёд, вот вам результат.
Поэтому лучше всего держать данные и операционку не просто на разных разделах, а еще и на разных физических дисках. Еще перед переустановкой системы физически отключать диск с данными.
Но тут возникает другой вопрос, а что с бэкапами? Было бы странно, чтобы в серьезной хостинговой компании бэкапы делались на тот же диск, что и сами данные. Попахивает диверсией.
Либо бэкапы делались на внешний носитель, но так совпало, что он внезапно сломался, его уронили или он другим образом перестал работать. Этот вариант маловероятен.
