Прежде всего может как выделяться запятыми, так и не выделяться знаками препинания. Это зависит от того, чем является это словосочетание в предложении.
Если это наречное словосочетание, то оно, во-первых, является членом предложения - обстоятельством. "Прежде всего" синонимично по значению словам ""сначала", " сперва", "в первую очередь" и, как член предложения, не выделяется запятыми, например:
Она сама прежде всего (в первую очередь) виновата во всем случившемся.
Вот и нужно прежде всего (сначала) решить, что нужно взять с собой в первую очередь.
Словосочетание "прежде всего" может быть вводным, то есть отображающим отношение говорящего к сообщаемому факту. В таком случае оно выделяется запятыми, так как не является членом предложения и его можно просто изъять из предложения, например:
Его поведение, прежде всего, оставляет желать лучшего.
Во многих случаях эта грань различия между наречным словосочетанием и вводными словами очень тонка. Чаще всего сам автор решает, выделить ли "прежде всего" или нет.