Скорее всего, так и сказать. Мягко, не свысока, но как можно осторожнее и честнее. Я всегда ставлю честность на первые места среди всех качеств человека.
Можно деликатно намекнуть, что был не совсем понятен смысл написанного, было тяжело уловить смысл. Можно подыграть даже, в шутку. Можно посоветовать формировать более короткие предложения, в которых почти не нужны знаки препинания. Так будет легче переучиться. Пусть побольше читает: можно просто дать ей книги на время для прочтения, без оглашения причины, зачем. Просто увлечь, сказать, что очень интересные и увлекательные.
Я допускаю, что человек пишет с телефона, переключаться на знаки пунктуации долго, проще просто писать дальше. Я так иногда делаю, когда переписываюсь с мужем или друзьями в Вайбере - для того, чтобы переключиться на запятую, нужно сделать много телодвижений, поэтому пишу просто так, как пишется - просто знаю, что человек и так поймет. При этом все знают, что я достаточно грамотная.
Если же дело не в телефоне, то рано или поздно человек сам столкнется (и не раз), что такие ошибки (казалось бы, несущественные) могут привести к недопониманию и проблемам по работе.