Обе приведенные в вопросе формы написания глагола совершенно правильны, они зависят от наклонения, что определяется по смыслу предложения: в нем либо говорится о фактическом действии, которое относится к какому-либо времени (к настоящему, прошедшему или будущему), либо о побуждении к действию, которое должен совершить собеседник.
Определить можно по вопросам к глаголу. А правописание гласной "е" связано со спряжением глагола.
Приведенные формы "прикажете" или "прикажите" представляют лишь разные формы одного и того же глагола. И этот глагол -- приказать, совершенного вида, первого спряжения.
Следовательно, в этой форме личные окончания глаголов этого этого пишутся с буквой "е".
А заданный глагол -- это форма будущего времени второго лица числа множественного в изъявительном наклонении и пишется с окончанием -ете.
Например.
Погода портится, поэтому поход будет отложен, если прикажете (что сделаете?).
От этого же глагола употребительна и форма повелительного наклонения: в числе единственном она имеет суффикс "и", в числе множественном добавляется окончание "те", так что конечное сочетание букв -- -ите.
Например.
Попросите сестру не дразнить братика, если не послушается, то просто прикажите (сделайте что?).