Будут. К сожалению.
Главная причина дискомфорта, это повышенная яркость монитора. Если есть такие симптомы, как головокружение, неудовлетворённость вдохом, боли в затылке - уменьшите яркость! Как правило, яркость монитора регулируется автоматически и почти всегда завышена. Установите вручную 50% от максимума и понаблюдайте за своим состоянием. Если всё равно ярко, уменьшите до нуля (на ЖК мониторах).
Ещё одна причина усталости глаз, это мерцание экрана. У ЖК-монитора подсветку осуществляют люминисцентные лампы, которые утомляют глаза. Если есть возможность, то выбирайте монитор с LED подсветкой.
Ну и пожалуй самая распостранённая причина усталости глаз, это мелкий шрифт. Установите больший масштаб страниц и проблема исчезнет сама собой.
Конечно нужно иногда устраивать перерыв в работе, немного походить, сделать гимнастику для глаз, пообедать и т.д. Если следовать этим рекомендациям, то можно свести вред от длительной работы за компьютером, к минимуму. Но всё равно, долгое время, проведённое за монитором, вредит вашему здоровью.