Если считаете, что заключение медиков не соответствует действительности, то в первую очередь нужно обратиться за независимым медицинским освидетельствованием.
Затем с двумя противоречащими друг другу справками обращаться в прокуратуру с требованием о привлечении лица, выдавшего первоначальную справку к уголовной ответственности по ст. 292 УК РФ (подлог документов).
Если выяснится, что первоначальная справка была действительно сфабрикована, то тогда уже можно бороться за восстановление ребенка в школе или поступать в другую, что, на мой взгляд, целесообразней.
Если же сведения, наоборот, подтвердятся, то нужно обращаться в органы опеки и попечительства, чтобы они определили ребенка в специализированную школу. По Конституции (ст.43) никто не может быть лишен права на бесплатное основное и средне-профессионального образование.
Надеюсь, что коротко ответил на ваш вопрос. Если возникнут уточняющие вопросы, буду рад ответить в комментариях или в личной переписке.