Ну, как сказать.
Какая бы не была чистка - машинная или ручная, одни и те же руки или детали машин соприкасаются как с кожурой ореха, так и с его наполнением, что означает, что вся пуль, грязь и т.д., частично попадает на само содержание ореха. Т.е. все, что попало на внешнюю часть ореха, частично попадет и внутрь.
Насколько это опасно - трудно сказать. Кожура ореха сухая и к ней мало что прилипает, да и на дереве он до последнего момента в кожуре, которая трескается, но не отпадает полностью. Химикаты обычно не применяют, но с иных полей они могут попасть, да и птичий помет, чисто теоретически, может.
Однако стоит помнить, что при производственной обработке, орехи в скорлупе подвергаются вибро-очистке, воздействию холодных или низких температур, иногда - замачиванию и сушке, а после высвобождения зерен - сушке.
Орехи оттуда идет в производство, а также продаются в развес и в пакетах. Т.е. где бы вы не столкнулись с грецкими орехами - очистка одинакова.
И вы, конечно, сможете помыть очищенные орехи, но то, что является составляющей продуктов, вы точно не отмоете, так какой в этом смысл?
Тут может помочь только полный отказ от употребления продуктов, содержащих орехи, несмотря на то, что пока еще никто не помнит ни одного случая, когда кто-то отравился неиспорченным грецким орехом :)