"Я" - это не понятие, "я" - это личное местоимение. В русском алфавите на последнем месте стоит буква "Я", а не слово или какое-нибудь "понятие". Слов и понятий в алфавите не бывает. В алфавите, созданном для славян, последней буквой была коппа - совершенно ненужная греческая штучка, смысл которой заключался в том, что она обозначала число 90. В дореволюционном алфавите последней буквой была ижица, которая употреблялась для обозначения числа 400 (в допетровские времена), а также писалась в словах греческого происхождения, в которых была буква "ипсилон".
Современная буква Я официально была закреплена в русском алфавите благодаря введению гражданского шрифта, произошло это в 1708 г. по указу Петра I. Именно тогда модифицированная буква "юс малый" заняла последнее место в алфавите. Буква эта в своё время обозначала особый гласный звук - носовой [э] (транскрипция по МФА - [ɛ̃]). Это звука уже не было в древнерусском языке на момент принятие алфавита, но в виде остаточных явлений он мог сохраниться в южнославянских диалектах, на основе которых создавался старославянский язык, иначе зачем вообще нужно было изобретать специальную букву?
Что же касается слова "я", то оно произносилось у славян как "аз" и "яз". Буква с таким названием была в кириллице с самого начала - первая буква алфавита. В глаголице точно так же "аз" был первой буквой и писался в виде креста, что лишь подчёркивало его значимость. Полное вытеснение вариантов "аз" и "яз" из живой речи в древнерусском языке произошло примерно к XIV веку, а в поэтическом языке - к началу XIX в.
Так что "я" оказалось последней буквой алфавита лишь при большевиках, тогда же родилась и хамская присказка на эту тему. За него следует благодарить какого-нибудь естественно рождённого Шарикова, дорвавшегося до власти и печатного станка.
Есть ли в каких-нибудь других языках местоимение первого лица, полностью совпадающее с буквой алфавита? В английском - это I. Стоит в алфавите где-то в серединке, в том случае, если обозначает "я", всегда пишется заглавная буква.