Должен.
В стандарт образования предмет физическая культура входит, как обязательный, а значит, ученик должен быть по нему аттестован.
Обратите внимание, если грамотный врач выписывает справку, он указывает Освобожден от занятий физкультурой, но не от уроков, либо пишет Ограничить физическую нагрузку. Если освобождение временное - обязательно указывается срок. Если длительное - рекомендуется спецгруппа или ЛФК.
Освобожленный от занятий должен присутствовать на уроке и в спортивной форме.
Задания для таких учеников могут быть как теоритические (реферат, доклад, тесты), так и практические - вполне допустимо изучение техники броска мяча, удара по мячу. А так же помощь учителю в судействе и других моментах.
И даже освобожденный ученик может за активность получить отличную оценку.
Кроме этого, за жизнь и здоровье ребенка во время нахождения в школе и урока ответственность несет учитель и директор.
Не исключен вариант, что ученик может пропустить урок. Но в таком случае только по заявлению родителя и разрешению директора, и не на постоянной основе. Так как оценку зарабатывать все равно надо.