Если уж быть точными, то слова с окончанием -ЕМ и слова, имеющие на конце сочетание -ЕМ, -- это "две большие разницы".
Есть существительные (заметьте, все они мужского рода): тандем, эдем, джем, празем, реквием, шлем (и гермошлем, мотошлем), выем, гарем, терем, крем, кольдкрем, ангстрем, ярем, тотем, дирхем (арабская монета серебряная).
Есть наречия: кубарем, гусем, совсем, насовсем, затем, зачем, замужем, случаем (оно может быть и вводным словом).
Частица сем, союзы чем, тем, впрочем.
Я уж не говорю о словах, оканчивающихся на ём, например, заём, приём, объём, подъём, живьём, поскольку не совсем понятно, что хочется знать автору вопроса.
Есть формы слов (именно формы слов), в которых -ем является окончанием.
Например, глаголы в первом лице множественного числа могут иметь окончание -ЕМ:
(мы) пишем, опускаем, тянем, склоняем, перегибаем, чувствуем, обижаемся и т.п.
Их очень много, вряд ли о них идет речь в вопросе.
Или существительные мужского и среднего рода (второго склонения) в падеже творительном и единственном числе:
пахарем, гением, морем, полем, домищем, платьицем, упражнением, склонением, дирижаблем.
Таких примеров тоже можно привести превеликое количество.
Но почему-то мне думается, что не эти случаи интересуют автора вопроса, а те слова, которые в начале ответа приведены.