Нет, существование низших организмов не указывает на необоснованность теории эволюции.
Дело в том, что часть видов амёб эволюционировала в сторону развития и усложнения. Они преобразовались при этом в другие виды и т.д. по лестнице вверх.
Другие же виды амёб и низших организмов вообще эволюционировали, не покидая своей экологической ниши. Или даже деградируя (как паразитические черви, более примитивные, нежели их предшественники, и обладающие лишь незначительными редуцированными остатками органов зрения, например). Им подобные биологические структуры без надобности.
Сохранение большей или меньшей устойчивости характерно не только для низших организмов. То же самое относится к акулам, мхам, ракообразным, мечехвостам, моллюскам, кистепёрым рыбам, крокодилам, черепахам, гаттериям, муравьям и т.д.
Атеисты, во-первых, могут просто не поверить ученым, ведь у них свое устоявшееся мнение.
Во-вторых, они могут принять другую доктрину, например, о том, что люди происходят от инопланетян и были занесены на Землю много лет назад пришельцами.
Атеисты могут принять во внимание версию Илона Маска о том, что наш мир является всего лишь компьютерной симуляцией/игрой какого-то другого (настоящего) мира.
В общем, каждый атеист может поступить по-своему.
Что есть, то есть, любая непознанная область кажется такой таинственной и необъяснимой, что сразу же вспоминаешь Бога, итак вон оно что, а я еще сомневался в том есть Он, или Его нет. А когда наука все разбирает по полочкам, то люди начинают понимать, что несколько поторопились с выводами. Область божественного все время сокращается. У римлян было 43 бога детства, бог принятия ребенка, бог первого вздоха, бог первого шага, бог девятого дня, бог колыбели. Сейчас это вызывает улыбку умиления, наивные римляне, а разве мы не такие же. Когда гремел гром, мне бабка говорила, что это Илья пророк скачет на своей колеснице и мечет молнии в бесов, видимо, поэтому она так боялась грозы. И на другие процессы у нее были свои объяснения.
Если верить статистике, большинство просвещенных людей-верующие. Стало быть большинство ученых тоже верующие. Однако вера не мешает им открывать электричество, фотоны, СВЧ, фулерены. Ведь эти открытия не противоречат существованию Бога. И даже тот, кто сказал: "И всё таки она вертится", что то хотел уточнить по месту регистрации Создателя.
Слова Иисуса (мир ему) об учёных и их знаниях приводятся в книге мусульманского ученого, мыслителя, теолога и правоведа Абу Хамид Мухаммад Аль-Газали АТ-Туси "Возрождение религиозных наук", том 1 в главе шестой "О бедах знаний, о признаках благочестивых ученых, помышляющих о том свете (аль-ахира), и дурных ученых:
