Меня совсем недавно тоже очень волновал вопрос, что делать, если не успеваешь на стыковочный рейс. Оказывается, все зависит от того, как именно организован Ваш рейс. Если это единый билет от одной авиакомпании или от группы авиакомпаний, состоящих в альянсе или работающих по договоренности (такой билет обычно распечатывается на одном листе, регистрация осуществляется сразу на два рейса), то волноваться вообще не стоит.
Мы с мужем летели совсем недавно компанией Люфтганза по маршруту Рейкьявик - Москва с пересадкой во Франкфурте. Рейс из Рейкьявика из-за погодных условий отложили почти на сутки, на свой стыковочный рейс мы безнадежно опоздали, но авиакомпания предложила нам альтернативный ближайший рейс, правда не прямой. То есть, мы сначала летели Рейкьявик-Франкфурт, потом пришлось перелететь из Франкфурта в Мюнхен, и уже оттуда мы вылетели в Москву.
При этом пересадка в Мюнхене была очень короткой, меньше часа, мы очень боялись не успеть, но представители авиакомпании заверили, что даже в этом случае бояться нечего, рейс нам бесплатно перебронируют.
Что касается багажа, то обычно в этом случае багаж регистрируют сразу до конечного пункта, получать его в транзитном аэропорту скорее всего не надо будет. Этот вопрос стоит уточнить на стойке регистрации, регистрируясь на первый рейс.
Хуже, если Вы сами организовывали свой полет и бронировали рейсы по отдельности, да еще и разными авиакомпаниями. То есть, если у Вас на руках два отдельных билета не взаимосвязанных между собой. Тут уже скорее всего придется покупать второй билет за свои кровные, так как Вы не будете считаться транзитным пассажиром. Я бы посоветовала, чтобы компания, по вине которой произошла задержка, письменно в этом расписалась, а потом попробовать удержать с нее свои затраты на покупку билета.