Так и хочется ответить: "что хотел, то и сказал"
Ну невозможно точно знать, что он хотел сказать, если бы он сам это не пояснил.
"Слово изречённое есть ложь" - это о том, как бедны и неоднозначны средства речи для выражения наших мыслей.
Поэтому можно только гадать, что же именно он имел в виду.
И версий может быть довольно много.
Хотя прямой перевод фразы "Мне отмщение и аз воздам" достаточно прозрачен:
То есть, расплата придет. Пусть не человеческим судом, но божественным, то есть внутри самого себя. Раскаяние, сожаление, чувство вины - это уже наказание. А ведь может быть ещё болезненнее - невозможность жить комфортно, спокойно и счастливо и не потому что кто-то это тебе делает, а потому что сам по другому не можешь.
Это самая популярная трактовка эпиграфа: есть внутренние, нравственные законы, не исполнение которых приведет к собственным душевным терзаниям.
Вспомните, как пришла расплата к Анне Карениной.
Сам Толстой не стремится быть судьей. Всего лишь в одном месте он явно подчеркивает, что его героиня, которую он, несомненно, любит, идёт не по тому пути:
В дальнейшем Толстой отстраняется от судейской роли и мы видим то, как наказана Анна, только через неё саму.
Возможно, без эпиграфа было бы сложнее понять "мораль сей басни". А позволить себе внести в сам роман такие мысли Толстой позволить не мог. Иначе бы его роман не был таким реалистичны, объемным, многогранным.