Слово маленький изменяется по родам и числам:
маленьк-ая рыбка, маленьк-ое дело, маленьк-ие дети.
В его составе выделим окончание -ий, суффикс -еньк-, как и в словах:
слабенький, ровненький, сладенький, желтенький.
Корнем назовем часть мал-, что охотно подтвердят родственные слова:
малыш, малый, малышок, малёк, малявка, умалить (значение, роль, престиж).
Мал-еньк-ий - корень/суффикс/окончание.
"Маленькая собачка до веку щенок", - гласит народная мудрость.