О том, что через город протекает сама Москва-река, я думаю, большинству из присутствующих известно не хуже меня. Да и вообще, чтобы не повторяться, если позволите, я возьму за основу ответ Владимира-2012, в котором перечислены уже самые известные названия местных рек: Сходня, Яуза, Сетунь, Раменка, Химка, Лихоборка, Неглинка, Рачка, Пресня, Таракановка и Ходынка. А сам поищу и добавлю, что смогу.
Сходня и Химка у нас на северо-западной стороне столицы. Вот, отсюда и начнём отсчёт. Кое-где мне удалось побывать лично, поэтому мне известен один приток Сходни, который на 71-м километре пересекает МКАД. Это речушка Братовка, что в Братцево. А слияние водных артерий происходит у Путилковского шоссе:
А в Химку в районе Химкинского водохранилища впадает в свою очередь река Грачёвка. Это с южной стороны, а с северной ещё одно "птичье" название - Воробьёвка. Притоком Химки является и река Чернушка, что образует каскад из нескольких прудов, а потом оказывается загнанной в бетонный коллектор.
А ещё севернее за Кронштадским парком можно отыскать речку Норишку, но она уже впадает в Лихоборку. Та в свою очередь в Яузу недалеко от устья ещё одной реки Каменки напротив Леоновской рощи. Яузе отдаёт свои воды и речка Чермянка, что в Медведково.
С восточной стороны столицы, как говорится, чёрт ногу сломит, если начать разбираться. С одной стороны, Википедия называет реку Чурилиху притоком Нищенки. С другой, они уж очень далеко друг от дружки расположены. Хотя, возможно, где-то русла проходят по коллекторам. Там же затерялась и Хохловка.
Зато в районе Каширского шоссе можно быстро найти реки Черепишка и Городня, Шмелёвка и Кузнецовка, Язвенка и Котляковка. А ещё в том районе протекают Жужа и Водянка, более известная Чертановка и менее Дубининская, в районе Ясенево вы найдёте Битцу в Битцевском парке. А в парке Олимпийской Деревни река Самородинка, совсем недалеко от тех мест Очаковка, а уже рядом с улицей Генерала Дорохова Навершка и Пустая Навершка.
Подскажите, друзья, сделав круг по часовой стрелке, много ли я пропустил? Ручьи во внимание не брал, а их здесь тоже не мало. В моём ответе только малые реки, которые напрямую впадают в Москву-реку или в её притоки.
P.S. Если говорить о том, какие из выше упомянутых названий мне наиболее симпатичны, то я бы в первую очередь назвал Лихоборку и Самородинку. Как-то их наименования особенно радуют слух. Хотя, в то же время Черепишка тоже звучит прикольно. :-)