Если вы имеете ввиду общие настройки, тогда:
1) В первую очередь, обязательно -учетная политика (в 1С есть соответствующий раздел, который так и называется "учетная политика". В ней нужно все разделы очень внимательно заполнить:
НДС (является ли организация плательщиком НДС или нет; если НДС начисл-ся, то-порядок регистрации сч/ф на авансы полученные /в день получения аванса или в течении другого периода: 5дней, месяц, квартал/; есть ли операции, не облагаемые НДС или НДС с 0%)
налог на прибыль (применяется ли ПБУ18, прямые расходы для налогового учета /прописываются проводки, которые потом и будут попадать в регистр прямых расходов/, амортизация в налоговом учете /линейный, нелинейный метод/
ЕНВД
расчеты с контрагентами (формирование резерва по сомнительным долгам в бух.и налоговом учете. По законодательству с 2011 года все организации (кроме ИП) обязаны формировать такой резерв в бух.учете, а вот в налоговом -на усмотрение фирмы. Вот только, к сожалению, 1С предлагает только одну методику формирования резерва.)
запасы (способ оценки МПЗ: по средней, ФИФО)
розничная торговля (способ учета товаров)
производство (здесь очень важный пункт "методы распределения общепроизводственных и общехозяйственных расходов": нужно "провалиться" внутрь и создать необходимый способ списания общепроизводственных, т.е. 25сч- выбрать базу распределения: выручка, прямые затраты, оплата труда и т.д. Далее ниже тоже важный пункт "включение общехозяйственных расходов в стоимость реализованной продукции": поставить галочку, если "по методу "директ-костинг" (т.е. 26счет будет списываться напрямую на 90.08). Если нужно, чтобы 26 списывался на 20сч пропорционально какой-то базе, тогда нужно вернуться на пункт выше, где заполняли 25сч и дополнить необходимыми данными.
выпуск продукции (со сч.40 или без него, последовательность переделов)
НЗП (способ учета НЗП: с использованием документа "инвентаризация НЗП" или без него)
реализация продукции (номенклатурные группы)
После документ нужно записать.
2) еще один документ "Настройка параметров учета". Здесь уже дополнительные настройки, но тем не менее тоже очень важные. Например, нумерация сч/ф (единая или нет, на авансы -отдельно или нет); учет запасов: по партиям (по документам поступления) или по складам (по местам хранения), разрешается или нет списание запасов, если нет остатка на складе; расчеты с контрагентами: срок оплаты покупателям и поставщикам, после которого долг будет считаться просроченным. Последний пункт, к слову сказать, используется для расчета резерва по сомнительным долгам: к дате реализации программа прибавляет кол-во дней, указанных в этом пункте (если другое кол-во дней не указано в справочнике конкретного контрагента), и получает дату, от которой 1С будет начислять резерв.
Это 2 основных документа в 1С, очень-очень важных для настройки программы под вашу организацию.
Если какие-то более "глобальные" вопросы либо не получается проведение каких-то операций, то обращаются к соответствующим фирмам, которые настраивают программу и устраняют проблемы. Они в любой момент могут через программы удаленного доступа (Ammi Admin или Team Viewer) зайти на ваш компьютер и настроить "проблемные участки".