Глаголы "мудровать", "мудрить" и "мудрствовать" очень редко употребляются в значении "мудро поступать". Чаще всего, под "мудрованием" подразумеваются очень нежелательные действия, производимые над человеком его недоброжелателями. Эти действия - полуобманны, завуалированны, не чистосердечны. "Мудрующий" желает сманипулировать, запутав объект своего "мудрствования".
Почему же этот глагол является однокоренным к слову "мудрость"? Это, конечно, ирония, но и не стопроцентная. Человек, запутывающий свои высказывания и поступки, несомненно, хитёр, как лиса. А для того, чтобы быть по-настоящему хитрым, требуется неплохая работа мозга.
Пример: "Этот работодатель не уважал своих подчинённых, а постоянно мудровал над ними: то зарплату снизит, то выходного дня лишит".