Я отвечаю как верующий человек, зачем так говорят, сейчас
Этим самым, человеку желают прощения его греха, ошибки на небесном суде.
Это хорошее пожелание
И второй момент, так говорят когда не очень уверены в том, что простили кого-то.Поэтому если не можем простить человека, а прощения он просит, не врите ему что простили его.А просто скажите ему "Бог простит". Тем самым, вы не соврете и пожелаете человеку прощения на небесном суде
Почему Бог простит? Потому что Бог милостив.
Когда говорим "Бог простит", имеем в виду, что Бог милостив.И если человек искренни кается в своем проступке, Господь может его простить.Таких примеров было в истории не мало.Вон Христа вообще распяли, а он всех простил.Поэтому и говорят, что Бог милостив и простит
К тому же тут еще имеется в виду то, что Божий суд, суд самый верный.Главное, что бы простил Бог.А что касается прощения людей, то это уже дело второе.То есть говоря "Бог простит", мы как-бы имеем в виду "Бог тебе судья". Пусть он и прощает.То есть мы отрекаемся сами судить и передаем его на суд Господу
На самому деле, Господь может и не простить.Особенно если раскаяние не искренние.Но многое человеку проститься может.Господь милостив.Поэтому так и говорят