Конечно, можно. Можно и Машенькой назвать, и даже Масей, и Машуткой тоже можно. Если ей это не понравится, она непременно даст об этом понять. Надеюсь, что не очень больно (шучу, конечно).
Весь фокус ситуации заключается в том, что у каждого имени есть множество уменьшительно-ласкательных, оттеночных вариантов. Я, к примеру, и Вас сейчас могла бы "просклонять" (если бы был вопрос именно насчёт Вашего имени).
Поэтому, сама "Маруся" здесь не причём. Не она первая, не она последняя. Имя довольно старинное, распространённое, прижившееся, привычное, вот люди и добавляют всё новые шаблоны для обращения к Марии.
Если же мы не знаем девушку так уж близко, то не стоит "вольничать". Например, если у продавца на груди написано "Мария", то не нужно говорить: "Марусенька, дайте мне сдачи". "Мария" звучит красиво, нейтрально, беспристрастно и не вызывающе.