Обычно у людей возникает вопрос, как правильно произносить сочетание согласных ЧН в подобных словах, а не писать.
Писать же правильно СКВОРЕЧНИК.
И в "Словаре русского языка" Ожегова слова скворечник, скворечница, скворечня написаны именно так, приведенное же в скобках [шн] означает всего лишь, как правильно следует произносить эти слова.
В русском языке есть слова, в которых сочетание ЧН и пишется, и произносится одинаково (например, точный, тактичный, практичный, порочный).
Есть слова с двухвариантным произношением -- ЧН и ЧШ, например, сердеЧНый (приступ) и сердеШНый (друг).
Но есть такие слова в русском языке, в которых сохраняется одно (и только одно! правильное) произношение ШН, например, в словах "конечно", "яичница", горчичник" и "горчичный", "прачечная" (произносится "конешно", "яишница" и т.п.)
К таким же словам относится и слово СКВОРЕЧНИК: пишется ЧН, а читается, произносится ШН, то есть СКВОРЕШНИК.