Можно привести довольно много таких слов, в которых замена буквы а буквой я приведёт к естественному при такой процедуре изменению лексического значения, поэтому, чтобы не давать такие пары списком, попробую их классифицировать, выделив несколько групп.
В выделенных группах пояснять лексические значения буду в основном в том случае, если слово малоизвестное.
1-я группа: существительные, в которых замена а на я приводит только к изменению лексического значения слова (часть речи сохраняется та же, место ударения и форма – падеж, число – те же). Вот какие пары, соответствующие этому критерию, я нашла:
- авка (собака и уменьш. к ава, аватарка) – явка;
- ад – яд;
- аким (мэр, губернатор в Казахстане) – Яким;
- ар – яр;
- ВАЗ (название завода и автомобиля; аббревиатура: Волжский автомобильный завод) – вяз (дерево);
- ватка – Вятка и вятка (город и лошадь вятской породы);
- закат – закят (религиозный налог в исламе);
- лад – Ляд (народно-разг. Леший);
- лада (любимый, любимая) – ляда (народно-разг. 1) сырое низкое место, поросшее кустарникам или лесом; 2) расчищенное под луг, пашню место);
- лани (лань во множ. числе) – ляни (несклоняемое, женского рода, губерния в Финляндии);
- Малка (река в РФ) – мялка (предмет для разминания чего-либо);
- падь (два омонима: 1) глубокая узкая долина, горное ущелье; 2) представляющие собой сладкую клейкую жидкость выделения насекомых, живущих на листьях) – пядь (длина – расстояние между концами растянутых большого и указательного пальцев);
- палка – пялка (приспособление для растяжки чего-либо);
- пальцы – пяльцы (для вышивания);
- пасть – пясть (часть кисти руки между пальцами и запястьем);
- пола (у пальто, платья) – поля (поле во множ. числе);
- рад (единица измерения) – ряд, рада – ряда и др. формы;
- табло́ – тябло́ и тя́бло (брус из дерева, использующийся для установки икон на алтаре);
- тапка – тяпка, тапки – тяпки;
- тапочка – тяпочка, тапочки – тяпочки.
2-я группа: существительные, в которых замена а на я приводит к изменению не только значения, но и места ударения или формы – падежа, числа:
- бака (бак в род. падеже) – бяка;
- бана (род. падеж слова бан) – баня;
- бата́ (у казахов – благословение) – ба́тя;
- башка́ – бя́шка (звукоподражательное<wbr />, детское – овечка);
- гра́да (град в род. падеже) – гряда́;
- ласка́нье (от ласкать) – ля́сканье (от ляскать – щёлкать, лязгать);
- мата (мат в род. падеже) – мята;
- пола́ (у пальто, платья) – По́ля;
- Рада (на Украине) – ряда (ряд в род. падеже);
- флаг – фляг (род. падеже множ. числа), фляга – флага (род. пад. ед. числа) и др. формы;
- юла́ – Ю́ля.
3-я группа: существительные, в которых замена а на я приводит к изменению не только значения слова, но и его частеречной принадлежности:
- ВАЗ – вяз (глагол вязнуть в форме прошедшего времени);
- вал – вял (краткое прилагательное, полное – вялый);
- завал – завял (глагол завянуть вв форме прошедшего времени);
- лапа – ляпа (ляп в род. падеже);
- Лю́ба (имя), лю́ба (возлюбленная) – любя́ (деепричастие от глагола любить);
- мак – мяк (глагол мякнуть в форме прошедшего времени);
- мат – мят (краткое причастие, полное – мятый);
- раб – ряб (краткое прилагательное, полное – рябой);
- сват – свят (краткое прилагательное, полное – святой);
- увал (вытянутая возвышенность) – увял (глагол увянуть в форме прошедшего времени);
- храп – хряп (междометие, обозначающее резкое действие или сильный, молниеносный удар);
- юла – юля (деепричастие от глагола юлить).
4-я группа: глаголы, отличающиеся буквами а, я и значениями, а некоторые и местом ударения:
- залапать – заляпать;
- лапать – ляпать;
- ласка́ть – ля́скать;
- пали́ть – пя́лить;
- пали́ться – пя́литься;
- ста́ну – стяну́.
5-я группа: сочетание других частей речи:
- краду́ (глагол красть в 1-м лице ед. числа) – кря́ду (наречие);
- мал (краткое прилагательное, полное – малый) – мял (глагол мять в форме прошедшего времени);
- рад (краткое прилагательное) – ряд;
- Радом (город в Польше) – рядом (ряд в твор. пад. и наречие).
Нашла и двусложное слово, в котором есть буквы а и я. Если поменять эти буквы местами, получится другое слово: сакля (на Кавказе: саманная или глинобитная хижина) – сякла (глагол сякнуть в форме женского рода прошедшего времени).