Раз речь об утеплителе, использующемся меж венцами (льняной джут), то сравнивать его будем с мхом и с синтетическим современным утеплителем Политерм.
Вкратце, джут удобнее мха за счет того, что он целостный, в рулонах, не рассыпается. Зато мох является природным антисептиком, а джут нет. Если косой дождь попадает в щели, а пазы бревен не промазаны антисептиком, то и загнить может.
Джут лучше Политерма тем, что натуральный, а Политерм лучше джута тем, что может многократно расширяться-сужаться и не требует конопатки. Джут же, как бы тщательно ни был закручен и забит в щель, если верхнее бревно чуть приподнялось, то все эти утрамбованные слои утеплителя посыпятся наружу на радость птицам, и конопать заново. Политерм не выковыривают птицы.
Но если по швам сруба делать герметик, то большой разницы в трм, что лежит в щелях между венцами, нет. Лишь бы там было сухо на момент нанесения герметика.
Вообще, правильно выполненный сруб не имеет щелей шире 3мм. Новый он вообще без щелей, лезвие между бревнами не просунешь. И только через пару лет, когда бревна просохнут, образуются небольшие щели, которые заделываются герметиком или конопатятся.
Резюме: если отказаться от синтетики и конопатить джутом, то я предпочел бы поверх конопатки набить канатик, чтобы затруднить птицам доступ к щелям. И изнутри щели обязательно обрабатывать биозащитными материалами.