1) Налоговая по окончании года, когда вы отчитываетесь по доходам сотрудников (2-НДФЛ), сравнивает зарплату в вашей фирме со средней в отрасли, где вы работаете. Если у Вас меньше, то вызывают "на ковер" дать пояснения. Иногда все очень просто объясняется (например, работа неполный день или совместитель).
2) Если кто-то "капнет" в трудовую инспекцию- тогда она придет с проверкой. По Трудовому кодексу з/плата не должна быть ниже минимального размера оплаты труда, который сейчас по России 5965 руб. Конечно, тут много нюансов, например:
-з/плата включает и премии, и компенсации, поэтому в штатном может быть оклад и меньше 5965, но общая з/плата будет больше;
-нужно учитывать и НДФЛ (начислено больше 5965, но после удержания НДФЛ на руки работник получает меньшую сумму);
-условие, что отработан полный месяц.
Если найдут, что выплаты меньше минималки, то это грозит работодателю