Индивидуальный предприниматель может быть на разных системах налогообложения. Их три: ЕНВД, УСН (упрощенка) и общая (когда платятся налог на доходы физических лиц 13% и НДС, если не сделать освобождение по статье 145 НК).
Если у Вас ЕНВД, то нулевой отчет исключается. Отчитываться и платить единый налог всё равно надо. Если не хотите, то снимайтесь с учета как плательщик ЕНВД. И в дальнейшем, если у Вас, то пусто, то густо, лучше оформлять патент на определенный срок.
Если у Вас УСН, то отчитываться надо всего раз в год, сроки и форму декларации надо отслеживать на хороших бухгалтерских сайтах, типа клерк.ру. А в декларации просто проставляете нули по доходам.
Если у Вас общая система, и Вы освобождены от уплаты НДС, то заполняете и сдаете до 1 мая декларацию 3-НДФЛ, которую тоже можно скачать у клерка. Там конечно не всюду нули проставлять надо, всё равно у Вас были расходы по уплате в пенсионный фонд и медицинский фонд. Если от НДС не освобождались, то для этих целей есть единая упрощенная декларация, в которой все налоги проставляете по нулям.