Оценки в аттестате не зависят от того, как вы сдадите (или не сдадите) ЕГЭ, так как оценки в аттестате выставляются на основании прохождения школьных испытаний (итоговые контрольные, диктанты, изложения, эссе) преподавателями соответствующих предметов в школе во время обучения.
Сам же процесс единого государственного экзамена начинается уже после завершения обучения и, соответственно, на оценки повлиять не может.
Обычно, аттестаты об полном (общем) среднем образовании вручаются на выпускном, который происходит после сдачи единого государственного экзамена, но до даты оглашения его результатов (возможно, что отдельные результаты уже будут известны, но еще не все), поэтому внесение изменений в аттестаты, выдаваемые по завершению школы и отправленные на печать сразу после завершения внутренней аттестации, невозможно.
К примеру, сдав в школе математику на 3 балла, а ЕГЭ на 95 баллов, данные в аттестате так и будут равны трем баллам, хотя результат ЕГЭ, технически, будет равен отметке "отлично".
Возможна и обратная ситуация: вы останетесь с пятеркой в аттестате, даже если не сдадите ЕГЭ.
Ну, и прослеживая дальнейшее влияние этих документов на поступление, хочется отметить, что результаты ЕГЭ имеют основополагающее значение для принятия решения о зачислении в ВУЗ. И аттестат особого (с отличием) образца является лишь приятным дополнением и памятью.