Арго -- так назывался корабль из древегреческой мифологии, который направлялся в Колхиду за золотым руном.
О этом упоминается в известной поэме Гомера "Одиссея".
Моряки на этом корабле -- это аргонавты.
Имя существительное аргонавт образовано от названия легендарного корабля при помощи суффикса -навт-.
Этот суффикс служит для образования существительных от других существительных, иноязычных по своему происхождению.
Группа подобных слов с суффиксом -навт-: акванавт, аэронавт, гидронавт, космонавт.
Думаю, что этот суффикс идентичен нашему русскому суффиксу -чик- в словах, обозначающих профессию,
например: летчик, водопроводчик, переводчик, переписчик и т.п..
Ну а так как одно существительное образовано от другого посредством словообразовательной единицы, то эти слова являются однокоренными.
Итак, арго и арго/навт/ы -- однокоренные.