Разница будет в скорости запись/чтение, чем больше размер кластера, тем больше скорость. Разница несущественная(процентов 10) но все же.Поэтому лучше всего форматировать с максимальным(32,64Кб для фат32) размером кластера.
Насколько мне известно, у Майкрософт есть проект новой файловой системы ReFS (Resilient File System). ReFS (кодовое имя Protogon) планируется внедрить лишь в серверную часть операционной системы Windows 8, поскольку она (ReFS) обладает большей гибкостью при возникновении ошибок в аппаратной или программной части. Ходят, однако, слухи, что в будущем новая файловая система будет доступна и на клиентских машинах.
Не знаю, что вы называете стандартными средствами. Например, стандартным средством является использование команды format G: /fs:exfat Но если действительно проблема не в самой флешке, то удобным средством форматирования в exFAT является бесплатная небольшая программа USB Disk Storage Format Tool Скачивать лучше с официального сайта (найдёте по ссылке, введя в поиск "Authorsoft Corporation сайт". Там выложена последняя шестая версия. Если интересуетесь более ранними версиями, то на сайте usbdev.ru можно скачать версии 5.0, 5.1, 5.3 Наконец, если проблема окажется всё же во флешке, то лечить её лучше системной утилитой, предназначенной для вашего типа флешки и контроллера. Noname - не проблема, контроллер всё равно можно определить с помощью диагностики. Такие утилиты можно поискать на том же сайте, что обозначил выше. Там же есть и статьи по решению различных проблем с флешками.
Эксперименты показывают, что немалая часть контроллеров флеш-накопителей при записи блоками, начинающимися с адресов, кратных некоторому числу (от 4 до 64) обеспечивает бо́льшую скорость, нежели при записи с произвольного адреса. Один из доступных методов ускорения типичной операции - копирования крупных файлов на флеш-накопитель - выравнивание всех кластеров файловой системы по таким адресам. Для этого нужно, чтобы начальный кластер совпадал с ним, а размер кластеров был равен или кратен шагу таких адресов.
Таким образом, для достижения результата нужно произвести два действия:
Найти шаг выравнивания (и компенсацию смещения, если требуется) при помощи соответствующих тестов.
Применить полученное знание одним из способов:
Отредактировать загрузочный сектор или таблицу разделов вручную, после чего проверить раздел (FAT) или переформатировать его (exFAT, NTFS).
Воспользоваться специальной программой форматирования, учитывающей выравнивание.
Calibrate Flash Drive - специализированная утилита для форматирования накопителей в FAT16/32 с учётом выравнивания.
FAT32 — старая, общепринятая файловая система со времён операционной системы Mircosoft Windows 95. Конечно, в наше время в системе виндоус уже давно используется NTFS. Но фат32 поддерживается также превосходно.
Любое устройство поддерживает FAT32, к которому можно подключить флешку под управлением общеиспользуемой операционной системой.
exFAT — усовершенствованная файловая система, созданная совместимой с FAT32. Её преимуществом является поддержка больших файлов более 4 Гб.
Недостаток exFAT в том, что не все устройства смогут прочитать флешку, размеченную с помощью файловой системы exFAT.
Какой вариант выбрать, каждый решает для себя. Если требуется больше стабильности и уверенности, что флешка будет читаться везде, то FAT32 ваш выбор. Если хочется большие файлы носить, пусть и с риском не прочитать флешку вообще на каком-то устройстве, то exFAT.