Не совсем понятен вопрос: мама не стала брать фамилию папы или они не в браке?
Так или иначе, до какого - то времени этот вопрос детей не волнует. А вот когда ребенок интересуется, почему у родителей разные фамилии, нужно объяснить ему причину.А причины могут быть разные: от известности и звучности фамилии, или нежелания мамы, как представительницы своего рода эту фамилию прекращать (примеров достаточно:Стас Пьеха, например, взял фамилию бабушки или Екатерина Рождественская оставила фамилию отца...продолжать можно долго), - до примитивного нежелания заключать брак.
Иногда у женщины был предыдущий брак, и от этого брака есть ребенок, у которого фамилия родного отца. Женщины часто оставляют фамилию первого мужа, чтобы ребенок не чувствовал себя в новой семье матери каким-то инородным "элементом". Еще очень уважительная причина- переделка многих документов при заключении брака, если есть ребенок от первого брака, для переоформления его на другую фамилию вместе с новой фамилией мамы.
Если ребенку объяснить это все спокойно и просто, он поймет.
Но в том случае, если ребенку пока не говорят, что у него папа неродной, тогда ситуация довольно деликатная. Может быть, в таком случае, привести в пример известных людей, которые оставили фамилии своих бабушек - дедушек. Вот и у него фамилия бабушки, например. Обмана в этом не будет. Фамилия-то действительно какой-нибудь бабушки или дедушки, а потом можно уже объяснить подробнее.
Пусть подрастет, и сам сделает вывод.