Непонятен и не понятен - оба написания слова как слитное, так и раздельное может присутствовать в определенном контексте.
Но начну с самого начала, то есть танцевать от печки. Выстрою словообразовательную цепочку:
понятный - непонятный.
От качественного прилагательного с помощью приставки не- образуется слово-антоним "непонятный", которое имеет краткие формы, различающиеся родовой принадлежностью:
ответ непонятен, то есть расплывчатый, путаный, неясный;
речь непонятна;
решение непонятно.
В утвердительном сообщении слово "непонятен" легко заменяется на синонимы и пишется в таком случае слитно.
Слово не понятен напишу раздельно в предложении, содержащем отрицание, которое подчеркивается
1) противопоставлением:
Ответ не понятен, а запутан.
2) наличием в контексте слов далеко, вовсе, отнюдь:
Ответ далеко (вовсе, отнюдь) не понятен.
3) присуствием отрицательных местоимений и наречий, например:
Ваш ответ нисколько не понятен.
Никому не понятен ваш ответ.