"Если ученый, то обязательно атеист" - это не с советского периода, это началось раньше. Всё началось с французских просветителей - идея о том, что "природа не храм, а мастерская" и "человек всё может и должен использовать и преобразовывать" постепенно внедрялась в среднем плохо развитые мозги плохо образованных обывателей.
В 19 веке внедрявшаяся мысль была такая: "Бог, религия - ограничение. Человек ни чем себя не должен ограничивать. Религия - только глупые сказки. Образование избавляет от религии, от веры, от Бога".
Или словами Ф.М. Достоевского: "Если нет Бога, то всё позволено".
Чем эти "просветительские идеи" кончились, известно: две мировые войны, передел мира, фашизм, гонка вооружений, терроризм.
На самом деле я не знаю (может быть, вы знаете?) ни одного великого ученого (и даже просто ни одного хорошо образованного человека), который был бы атеистом. Агностики бывают. Но агностик не лишен веры и связанных с ней императивов.
А чем больше развит и чем больше образован человек, тем лучше он понимает, что ограничения, прежде всего моральные и нравственные (в этом смысл религий) - это обязательное условие и благо для человека. Без этих нравственных ограничений человек превращается в жрущее, гребущее под себя и всё разрушающее животное.
Интеллигент же по определению не может быть атеистом.