Моральная ответственность, как атеиста, так и у верующего человека зависит от воспитания человека, и от его окружения в разное время. Внутренний контролёр человека - это совесть. Из детства человек знает что такое хорошо и плохо, правда и ложь, предположение и истина, честно или не честно, достаточная юридическая грамотность для повседневной жизни. Если окружение человека было к нему дружным, воспитание у человека было качественным, он может себя контролировать, чтобы не вредить другим людям, действовать честно, и не иметь проблем с законом.
Другое дело, что либо воспитание было слабым, либо люди из окружения смогли доказать, что они лучше чем его родители, либо человек принял правила новой системы, куда он пришёл, и при этом в чём-то поступился своими принципами. В этом случае человек может иногда действовать не по совести, кого-то обманывать, поддаваться на соблазн в нарушении государственного закона, и иногда вести себя как животное в общении с противоположным полом.
Кстати, некоторые люди, признанные собой и другими людьми верующими людьми, грешат слишком открыто и систематически (такие люди есть даже среди священников). Но можно признать, что среди атеистов больше "систематических грешников", чем среди верующих людей.
Вывод: если у атеиста с моралью неладно, значит чего-то хорошего не хватает или (и) чего-то плохого оказалось в избытке.