Если есть температура, значит идёт в организме воспалительный процесс. Быть это может что угодно. К сожалению вы не пишете, какие обследования проходили.
У меня с ребёнком такой ситуации как у вас не было, но была вот такая.
Начал мой ребёнок температурить, причём странно. Ночью температура поднималась до 41 градуса. Ребёнок огненный, ножки ледяные. К утру температура спадала, но состояние ребёнка - сильная слабость. И так неделя, вторая ...
В анализах только в крови было сильно повышенное СОЭ, всё остальное отлично. Больше никаких симптомов не было. Наш педиатр разводил руками. Вылечил нас областной нефролог, к которому мы попали благодаря нашей участковой медсестре. Причём с почками у нас то же оказалось всё хорошо.
Врач выписала ребёнку какой-то очень сильный антибиотик общего действия нового поколения. И это ребёнку помогло. 20 уколов и мой малыш здоров.
Мотивировка врача - раз температура столько времени держится, то в любом случае нужно колоть антибиотик широкого спектра действия.
А вот что это было - вообще не имею представления. Но так думаю - подцепил мой ребетёнок какую-то бактерию (именно бактерию и такую, которая редкость для человека).
В общем, в вашем случае нужно искать грамотного врача, который назначит полное обследование организма ребёнка. Это могут быть и бактерии, и паразиты, и вирусы - всё, что угодно.