Ни в чём.
Всё, что было в архитектуре БЭСМ-6, есть и в современных. И конвейер, и кэш, и ветвления, и система команд, почти что похожая на RISC, разные режимы адресации памяти - всё это, и даже намного больше этого, присутствует и в современных процессорах. Довольно наивно полагать, что за полвека, прошедших со времен создания этой машины (а для своего времени это действительно была классная машина), техника проектирования ЭВМ никуда не продвинулась.
И на процессоры Интел тоже несправедливо гнать бочку. С ними другая фигня (кто-то может считать это недостатком): политика компании - сохранение совместимости новых процессоров со старыми по системе команд. То есть программа, написанная для едва ли не самого первого "серьёзного" процессора 8086, может выполняться и на самом распоследнем навороченном камне. Что, замечу, не делает новые камни "плохими" - всё равно в современных процессорах, практически во всех, внутренние команды имеют мало общего с командами ассемблера, которые канают как бы за "в машинных кодах". Когда-то давно это так и было, но теперь в большинстве процессоров команды ассемблера, считываемые из памяти, для начала преобразуются во внутренние команды низкого уровня. Собсно, в этом и заключается смысл RISC-архитектуры: перевод этот термина - компьютер c ограниченным набором команд. Несколько простых команд выполняются быстрее, чем одна, но сложная.
Так что многоуровневый кэш, блоки предсказания, многопоточность и многоядерность - все эти навороты делают современные процессоры не хуже старой доброй БЭСМ-6.
Ну и потом: окей, БЭСМ-6, равно как и "Волга" ГАЗ-21, для своего времени были, можно сказать, прорывом. Ииииии? Где прогресс-то? Почему вместо БЭСМ-8 появилась ЕС ЭВМ, цельнотянутая с OS/360? Почему свой процессор, хоть как-то сопоставимый с Интел пятнадцатилетней давности, появился только сейчас и стоит при этом вдесятеро дороже?
Вот о чём надо плакать. А не о том, что разобрали на запчасти компьютер, который по вычислительной мощности на два порядка слабее того, которые ставятся в каждую мобилу, причём бюджетного сегмента.