Это зависит от многих факторов, бывает дешевле, бывает дороже. А факторы эти следующие:
1) класс полета самолетом - бизнес, эконом,
2) класс сапсана - эконом, бизнес, первый,
3) время покупки билета, вот было время, когда при покупке билета на сапсан за 31-45 дней получаешь отличную скидку, и билет стоит не так дорого,
4) сезона (и авиакомпании, и РЖД меняют цены в зависимости от сезона).
Нужно узнавать и сравнивать конкретно на нужную Вам дату, тогда Вы узнаете, как добраться выгоднее - на сапсане или на самолете. Но не стоит также забывать, что сапсаном Вы прибываете в центр Москвы, а самолетом - в Московскую область. И аэроэкспресс сейчас не дешевый...