Поскольку всё словосочетание предложено писать в кавычках, речь идёт о названии произведения Кэрролла (обратите внимание, как принято писать фамилию автора).
Когда уточняют написание названия книги, то руководствуются одновременно двумя принципами: 1) грамматикой; 2) наметившимися традициями употребления. Интересно, что оба принципа могут несколько противоречить друг другу.
Поэтому, пересматривая различные издания книги, мы обнаруживаем целых три варианта:
Я сейчас пересмотрела несколько десятков изданий. Вариант "Алиса в Стране Чудес" (все слова, кроме предлога, написаны с заглавных букв) - наиболее частый:
На нём и остановимся.
Дело несколько осложняется тем, что оригинал (английский язык) нам не поможет. Там пишут с прописной буквы, но в одно слово:
Ещё один вектор рассуждений - это языковая логика.
Синтаксис сочетания можно представить себе в двух видах:
- Алиса где? - в Стране Чудес.
- Алиса в стране чего? - чудес.
Думается, что первый вариант корректнее. Поэтому снова можно говорить о безошибочности написания "Чудес" с заглавной буквы, а слово "Страна" безусловно пишем с "большой" (с заглавной).
Хотелось бы сравнить "Алису" с обложками некоторых других книг:
Видите? "Страна невыученных уроков" пишется именно так. "Страна" - это название сказочного государства, а "невыученных уроков" - это как бы не продолжение название, а определение этой страны.
_
Подводим итоги:
Возможен вариант "Алиса в Стране чудес". Но при этом, на мой взгляд, возникает небольшой парадокс: страна называется "Страна" и всё. Поэтому более логично включать в название и слово "Чудес", используя заглавную "Ч". Так же часто пишут и "Страна Лилипутов" или "Страна Великанов".