Действительно, фамилия Ягудин произошла от имени Йегуда или Яхуда, которое встречается у евреев и у арабов.
Но в России чаще всего эту фамилию носят люди татарской национальности. Проверить это легко - достаточно ввести в поиске Одноклассников или ВКонтакте эту фамилию. Большинство её носителей окажутся людьми с типичными для татар именами: Марат, Наиль, Рашид, Фанис, Ильдар, Ильнар и так далее, проживающими, как правило, в Казани и других городах Татарстана.
Вот что написано об этой фамилии на одном из генеалогических сайтов:
Фигурист Алексей Ягудин тоже как-то говорил в одном из интервью, что он на одну восьмую татарин.
Так что, если Вы встретите человека с такой фамилией, в большинстве случаев это будет татарин, а не еврей.