Останавливаться на самом факте зарождения жизни на Земле бессмысленно - ответ найти очень непросто. Объяснять его, например, панспермией слишком примитивно. Мы попадаем в порочный круг - сразу же возникает вопрос о возникновении жизни в нашей Вселенной.
А вот с естественным отбором не все так просто, как на первый взгляд кажется. То, что он вполне успешно работает в определенных ситуациях (галапагосские вьюрки, дарвиновский случай), бесспорно. Однако еще Дарвин долго мучился с проблемой муравьев, рабочие особи которых сами не дают потомства.
Обратим свой взгляд, к примеру, на мир членистоногих, т.е. насекомых, в первую очередь. Посмотрите на фото.
Вы думаете, что столь экзотические формы могли появиться в результате голого естественного отбора? А ведь есть еще вид богомолов, надкрылья которых с удивительной точностью копируют лепестки цветка, даже дырочка сквозная имеется, на котором они живут и охотятся! Я думаю, что такое диво дивное само по себе появиться не могло. Формула "наследственность - изменчивость - отбор" для этого слишком примитивна. Конкуренция между организмами в выживании и размножении является лишь минимально необходимым условием для эволюции посредством естественного отбора.
Одна из первых работ, рассматривавших недостатки теории Дарвина, - это работа Берга А.С. "Номогенез, или эволюция на основе закономерностей" (1922 г.). Короче, исследования в этой области продолжаются, и время от времени появляются новые гипотезы и теории (подробности здесь).