Ничем. Это разные формы написания и произношения одного и того же слова. Происходит оно от латинского nullus - пустота, ничто.
В русском языке употребляются обе формы. Все зависит от предложения и смысла. К примеру, в математике принято говорить и писать "ноль целых хрен десятых", в литературе "ноль часов ноль минут", в разговорном языке "ты полный ноль". Но есть и устойчивые выражения, где используется слово "нуль". К примеру, это прилагательные: "нулевой меридиан", "нулевая отметка", в математике "уравнение равно нулю", в обиходе "температура ниже нуля" и т.д.
То есть грамматически слово по-латыни звучит "нуллюс", поэтому, вроде бы, логично писать и говорить "нуль". Но в русском языке слова часто видоизменяются и становятся настолько употребительными и устойчивыми, что правильное произношение режет слух и вызывает недоумение. Ну попробуйте, скажем сказать "нуль часов" или "нуль целых пять десятых". Неудобоваримо!
Если уж привязываться к правильному произношению на языке оригинала, то тогда мы компьютер должны называть "компьютэ", монитор - "монитоу", а автобус - "автобас". А ложку для снятия пены, которую мы успешно называем шумовкой, нужно вообще называть германским словом "шаумлёффер", от которого наша "шумовка" и произошла.