В ряду слов окончание, "окончаниями", "окончанием" сразу можно выделить морфемы -е, -ями, -ем в качестве окончаний.
Слово "окончание" образовано от глагола окончать, следовательно, -а- - это словообразовательный суффикс глагола, -ни- (-ний-, если е=йэ)- суффикс существительного.
В слове "окончание" вычленим далее приставку о-, так как она вполне заменяема на другую, а, значит, не является частью корня,например:
за-кончить.
Осталась "бесхозной" морфема -конч-. Ей мы дадим статус корня слова, вспомнив однокоренные слова: конец, конч-ик, конеч-ный. В корне -конец- происходит чередование ц//ч и может появляться беглая гласная "е".
Итого морфемный состав слова "окончание": о-конч-а-ни-е приставка/корень/суффикс/суффикс/окончание.
В форме существительного родительного падежа множественного числа "окончаний" флексия будет нулевой и морфемный состав следующий:
о-конч-а-ний-нулевое окончание
приставка/корень/суффикс/суффикс/ нулевое окончание
