Правильно: пчела - пчёлы.
Орфограмма связана с выбором О/Ё в корне слова, но она не всегда понимается правильно, вернее сказать, не понимается практически никогда и делается формально.
Вот мы делаем проверку: пчёлы - пчела. Если есть чередование Е/Ё в корне, то пишем Е. Сравнить: чёрный -чернеть, чёрствый- черстветь.
Это историческое чередование, звук О после мягких согласных закрепился в языке только к концу 18 века, раньше говорили пчела - пчелы (буква Е, а не Ё). Поэтому в словах, где сохранилось такое чередование, мы в безударной позиции пишем букву Е (это такая "старая" проверка, как будто мы по-прежнему произносим под ударением Е, а не Ё).
В действительности же в безударной позиции мы произносим звук, похожий на И: пч(и)ла. И проверяем гласный ударением: пчёлы.
Таким образом, в этой паре слов встретились две орфограммы (безударный гласный в корне слова и выбор О/Ё после шипящих для обозначения ударного звука О): буква Ё проверяет безударный гласный Е (звучащий как И), а буква Е проверяет выбор ударного гласного: Ё (а не О!).