У меня в комнате может быть полный бардак, но я все равно мгновенно узнаю, если ко мне кто-то заходил.
Это, говорят, работает наше безсознательное - на сознательном уровне вы можете легко удержать в памяти от 7 до 9 единиц информации, а наше подсознание может запоминать огромное количество информации, но вот доступ к нему есть не у всех. Тут нужно умение входить в особое состояние, чтобы общаться с подсознанием. Так что, большинство из нас просто чувствует что что-то не так, что-то изменилось, а объяснить не может. Кстати, даже могут вещи не изменить положение, а почти неуловимый запах чужого может присутствовать.
Помню в газете про случай писали, когда преступник не оставил после себя никаких следов или улик, но так как преступление было серьезное, вызвали лабораторию, которая взяла и законсервировала запах в комнате. Потом предполагаемых преступников сравнивали по этому запаху (причем лабораторию вызвали из-за того, что запах был такой слабый, что даже собака не могла взять след).
Так что, здесь два варианта - либо вещи немного бывают сдвинуты (может даже на пару сантиметров), либо запах в квартире не тот и человек это мгновенно чувствует.