И исторически сложившийся состав, и современный состав слова подноготная совпадают:
ногот --корень, под -- приставка, н --суффикс.
Все просто, понятно, прозрачно: ведь слово образовалось от существовавшего в Древней Руси страшного рода пыток,
когда палачи на допросах загоняли острые предметы под ногти обвиняемому, чтобы он рассказал "правду".
Значение слова становится ясным, правописание тоже (обычная схема образования прилагательных).
Единственное, на что следует обратить внимание, так это принадлежность слова подноготная к существительным
(не к прилагательным). Произошла так называемая субстантивация, при которой слова одной части речи переходят в другие.
Вот и прилагательное подноготная перешло в разряд существительного, причем здесь субстантивация полная: в качестве прилагательного это слово уже не употребляется.
Такое в нашем языке не редкость, например, раньше говорили "больной человек", "рабочий человек", а сейчас заменили на существительные больной, рабочий.
Вернемся к слову подноготная. Это тайны, секреты, подробности, скрываемые от кого-то, это существительное, имеющее значение правда. Поэтому словосочетания подноготная правда нет в русском языке, подноготная и есть правда,
Есть фразеологический оборот узнать всю подноготную, довольно часто употребляемый в нашей речи
и означающий: "выведать всю правду, секреты; проникнуть в какие-то тайны; узнать подробности".