Размерами и весом. И ценой.
Полнокадровый объектив даёт изображение, покрывающее полнокадровую матрицу. Объектив для кропнутой камеры - кропнутую, которая меньше по размеру. Что получается? Чтоб полнокадровый дал картинку больше, у него и размеры линз должны быть больше.
Также для отражения этой большой картинки, предназначенной для большой матрицы, в видоискатель требуется зеркало побольше, тогда как в случае кропа хватит и поменьше. Чтоб зеркало могло повернуться, нужно пространство между ним и задней линзой объектива. Ясно, что большому зеркалу нужно больше пространства. Поэтому внутренности полнокадровых объективов дальше отодвинуты от байонета. Конструкция такая. А линзы кропнутых можно так далеко не отодвигать.
Выходит, что в полнокадровых и сами линзы больше, и корпус под них, разумеется, тоже, так ещё и длиннее. Больше материала, больше веса. Больше себестоимость.
Ну и универсальность, конечно. Полнокадровые объективы можно использовать на кропнутых камерах.