Водород считается экологически чистым топливом, потому что при сгорании не образуется углекислого газа и угарного газа -- только пары воды и, как справедливо отметил il63, оксиды азота, к которым также нужно добавить другие неравновесные и побочные продукты -- озон, перекись водорода, цианистый водород и т.п.
Но если внимательно посмотреть, то получается не так уж и радужно. Чтобы получить водород, нужно затратить электроэнергию, причем в водороде запасается ровно та, затраченная электроэнергия, причем КПД этого процесса не так велик, как хотелось бы. И если сравнивать цепочку "топливо-ДВС" и "топливо-ТЭС-электролиз-ДВС", очевидно, что количество преобразований энергии с потерями на каждом этапе значительно больше, и даже больший КПД водородного двигателя по сравнению с бензиновым и больший КПД тепловой электростанции по сравнению с двигателем внутреннего сгорания не спасают ситуацию. Так что водородный автомобиль все равно сжигает нефть и сжигает ее больше, чем бензиновый.
Есть и еще один момент -- водород является активнейшим озоноразрушителем. И если классические озоноразрушители -- оксиды азота и хлорфторуглероды -- с трудом достигают стратосферы из-за большой молекулярной массы, а оксиды азота еще и нестойки -- то водород туда поступает практически моментально. Таким образом, неизбежные утечки водорода крайне опасны и при расширении водородной энергетики еще покажут себя.