1)Собираете все документы, как вы и написали.
2) Заполняете декларации 3-НДФЛ за 2012, 2013 года.
3) Приходите в налоговую, там заполнить нужно к каждому году заявление о предоставлении имущественного вычета и заявления о возврате указанных в декларациях суммах (с указанием ваших банковских реквизитов на сберкнижке).
4) В течение 3х месяцев налоговая проверяет декларации. Если будут вопросы, то они могут вам позвонить по указанному в декларациях телефону.
5) После 3х месяцев, если все в декларациях правильно, в течение следующего месяца налоговая перечисляет на ваш счет денежные средства.
Ходить в налоговую снова не надо. Проверить, проверена ли декларация и перечислили ли деньги можно на особом сервере: проверка 213.24.61.117/usl3ndfl/servlet1
возврат 213.24.61.117/zakl3ndfl.
6) Возврат согласно декларации за 2012 год будет в сумме НДФЛ, которая у вас будет указана в справке 2-НДФЛ с вашей работы. Соответственно, по декларации за 2013 год вернут сумму, указанную в справке 2-НДФЛ за 2013 год с работы.
7) По поводу заполнения вам лучше обратиться в специализированную компанию или есть ИП, они заполняют декларации 3-НДФЛ за небольшую плату. Т.к. советовать, не видя ваших документов, очень сложно.