Если вы подаете налоговую декларацию на возврат по НДФЛ, или на возврат налога в случае переплаты суммы налога или в любом другом случае, то после подачи вами декларации максимальное время камеральной проверки-3 месяца. Далее еще 1 месяц отводится на то, что б вам вернули деньги.
В вашем случае возможно два варианта.
1 ответ по вашей декларации пришел не через три масяца, а позже, или деньги пришли позже, чем через четыре месяца после подачи деклорации.
2 Это глюк, который у них частенько бывает, тем более, деклорации было две.
Возможно, одну они рассмотрели и выплатили вам деньги, а вторую, уточняющую, так и не рассмотрели.
Вот по поводу нее и пишут, что сроки рассмотрения нарушены.
Вы налоговой ничего не должны, если бы у вас был долг, совсем по другому извещают,так что не волнуйтесь.