Эта поговорка пришла к нам из прошлого. Совершенно понятно, что раньше, в войнах 17-19 веков, и в войнах начала и первой половины 20-го века, очень часто противлборствующие подразделения могли сойтись в штыковой схватке, то есть практически в рукопашном бою. Тут и важен был штык, как впрочем, и пуля. Сейчас, про штыковые атаки, как я понимаю, речь идёт в очень и очень редких случаях, возможно, в условиях городского боя немного чаще.
Но я не специалист, я не военный человек (хотя и служил в армии), по этой причине не буду углубляться в тему, а просто скажу, как понимаю поговорку.
Пуля дура, это значит, что может "прилететь" кому угодно, и своему, и чужому, и вообще случайному человеку. Потому как случаются не очень меткие выстрелы, рикошеты, неверные координаты, плохо зрение, и так далее.
Штык молодец, это значит, что штыком военный человек действует осознанно, понимая кто его враг и кому он наносит повреждения.